Fue fundada el 13 de octubre de 1743 por ciudadanos españoles.
Zapatoca significa: "sin padre" o "noche del padre", "en lo alto del río" o "muerte del padre en lo alto del río". Se le llama también "La ciudad levítica" por el cúmulo de vocaciones religiosas, representadas por un cardenal emérito, nueve obispos, ciento cincuenta sacerdotes y un centenar de monjas y misioneras nacidas en esta población.
También hace parte de los famosos caminos de Lengerke que tiene santander, y algo curioso es que allí está el campo santo, un lugar histórico para visitar, ya que están los restos del alemán Geo V. Lengerke.
Otro destino para visitar en Zapatoca, es la cueva del Nitro, una cueva tallada hace millones de años por la misma agua; en su interior, la vida animal es un ejemplo de cómo sobrevivir en completa oscuridad y en condiciones difíciles; se encuentran animales como los peces blancos y murciélagos frugívoros; por otra parte, esta es la primera cueva en tener luces LED en el interior, y esto con el propósito de resaltar ciertos rincones de la cueva.
